Jeho otec o tom nechcel najprv ani počuť, ale po prvom návale rozhorčenia sa postupne predsa len utíšil a dal Františkovi svoj súhlas. František bol vtedy už 24-ročný a mohol si zvoliť kňazské povolanie i bez otcovho súhlasu, ale to bolo proti jeho charakteru. Nechcel nič dosiahnuť nasilu a proti vôli druhého, lež vo vzájomnom porozumení. Ako gentlemansky sa správal v zápase o kňazstvo, svedčí jeho zdvorilé odmietnutie ponúkanej nevesty. Otec mu totiž vybral peknú a bohatú nevestu a zariadil všetko tak, aby sa mladí priamo stretli. Po stretnutí povedal František otcovi: "Otecko, videl som tú slečnu, ale zasluhuje si lepšieho muža, ako som ja."
František nevnímal kalvínov ako nepriateľov, ale ako bratov heretikov, rebelujúcich proti pravde, ale stále milovaných bratov. Ich hnev odzbrojoval svojou láskavosťou a nesmiernou trpezlivosťou v dialógu. V tejto jeho misionárskej práci zohrali dôležitú úlohu aj Quarantore, ktoré organizoval za mnohej účasti veriacich. Najmä v hlavnom meste chablaiského kraja, Thonon. Tu v roku 1598 založil Oratórium svätého Filipa Nériho. Ešte za chablaiskej misie vymenoval pápež Klement VII. roku 1599 úspešného apoštola za pomocného biskupa, až napokon roku 1602 František Saleský celkom prevzal vedenie ženevského biskupstva. Ako prípravu absolvoval cestu do Ríma, kde sa osobne stretol krátko po smrti svätého Filipa Nériho s jeho žiakmi, Cézarom Baroniom, neskorším kardinálom, Antoniom Galloniom a mnohými ďalšími oratoriánmi. S blahoslaveným oratoriánom Giovenalom Ancinom, ktorý bol zároveň v tom čase tiež vymenovaný za biskupa, vytvoril dlhoročné priateľstvo.
Svätého Františka Saleského nazývajú zdvorilým, láskavým a optimistickým svätcom. Niektorí odsudzovali veľkú ohľaduplnosť, ktorú prejavoval voči bludárom a hriešnikom. Veľký kazateľ Bossuet mu vyčítal, že "podkladá vankúše pod lakte hriešnikov". No sv. František sa nedal pomýliť. Podľa vzoru Pána Ježiša nestrpel bludy a hriechy, ale bol veľmi láskavý voči bludárom a hriešnikom. A ukázalo sa, že je to nielen najsprávnejšia, ale aj najúspešnejšia metóda v službe Bohu a dušiam. Jednou z veľkých osobností, ktoré svätý František inšpiroval, bol aj bl. kardinál Newman, ktorý v 19. storočí založil Oratórium svätého Filipa Nériho v Anglicku. Jeho kardinálske motto Cor ad cor loquitur sa inšpiruje priamo zo spisov svätého Františka. Newman predkladal takúto kultivovanú, vľúdnu a podmanivú svätosť ako ideál pre svojich kňazov. Medzi svätcami s džentlmenskýcm charakterom spomína práve svätého Františka Saleského. Všimnime si niektoré Newmanove charakteristiky džentlmena, v ktorých vidíme i osobnosť svätého Františka Saleského: „Preto je takmer definíciou gentlemana, že je to človek, ktorý nikdy nespôsobuje bolesť. Starostlivo sa vyhýba všetkému, čo by mohlo spôsobiť náraz či otras v mysli tých, s ktorými má do činenia: každému stretu názorov, každému zraneniu citov, každej odmeranosti, podozrievavosti, skľúčenosti či zatrpknutosti. V diskusii nikdy nie podlý ani malicherný... Je príliš rozumný, než aby sa ho dotkla urážka, príliš zaneprázdnený, než aby si pamätal krivdy, a príliš povznesený, než aby v srdci prechovával nenávisť. Ak aj vstúpi do nejakého sporu, disciplinovanosť rozumu ho uchráni pred nemotornou nezdvorilosťou.“ (Idea univerzity, VIII)